成本增，补贴减，在政策与市场的双重压力下，吉林省的燃料乙醇企业已经纷纷开始着手改进现有工艺，探寻玉米替代品，期待在玉米秸秆、甜高粱身上找到答案，力争实现原料多元化生产。
“用秸秆生产燃料乙醇，主要是成本难以控制。”吉安生化乾安酒精有限责任公司董事长任公文分析说，用玉米做原料的生产成本在4000元/吨左右，用秸秆做原料的成本估计需要8000元/吨；用甜高粱做原料，虽然技术上不存在问题，但前期试验的各种成本，完全由企业自己负担也很困难。
吉林省相关农业专家介绍说，秸秆燃料乙醇项目具有良好的经济和社会效益，是21世纪发展循环经济的有效途径。吉林省秸秆原料丰富，作为国家商品粮生产基地，据测算，吉林省仅玉米秸秆年产量就有2700万吨左右。随着生产规模的扩大和效益的显现，秸秆燃料乙醇必将在全省形成新的产业，使吉林省玉米等粮食秸秆从此变废为宝，成为重要的能源资源。
未来国内生物质能产业化的瓶颈主要集中在原料、价格和政策三个方面，其中原料来源始终是发展生物质能的首要课题。燃料乙醇的原料从玉米、水稻、小麦等粮食逐步转向经济作物已成为业界的共识。
专家们认为，国家适当控制以粮食为原料的燃料乙醇企业发展，从长远看是正确的，但对于粮食主产区，应该给予特殊考虑。吉林省农业委员会主任王守臣说，吉林省的燃料乙醇项目是在玉米积压严重的社会背景下启动建设的，在消化陈化粮、促进粮食转化等方面做出了重要贡献。现在玉米价格上涨，陈化粮减少，这个项目应该在生产原料上进行调整，但是应该有一个过渡期和一些相应的扶持政策，如帮助企业引进玉米秸秆转化技术，帮助企业发展甜高粱生产基地等，在技术、资金等方面给予适当支持。
